为进步水污染防治专项资金运用效益，财务部、环境保护部近来联合印发《水污染防治专项资金绩效点评方法》，将专项资金发放与绩效点评挂钩。

  依照《方法》，水污染防治专项资金绩效点评的内容分资金办理、项目办理、产出和效益三个方面，共触及3个一级方针和10个二级方针。其间，产出和效益首要点评年度绩效方针和使命的完结状况，是绩效点评的要点；点评的首要是依据包含《水污染防治专项资金办理方法》、专项资金绩效方针、当地环境保护主管部门会同财务主管部门编制的年度实施方案等。绩效点评终究的成果量化为百分制归纳评分，按分数分为“优异”“杰出”“合格”“不合格”四个等级。